Het uitbreken van de oorlog in 1940 heeft ook op de vereniging een grote invloed gehad. Vele vrienden moesten de vereniging verlaten omdat ze te werk gesteld werden in Duitsland. Bij hun vertrek kregen ze van de verenging een zakbijbeltje met de handtekeningen van alle leden. Vanuit Holland werden zeer regelmatig brieven gestuurd. Op elke vergadering werden namelijk afspraken gemaakt wie naar de vrienden in Duitsland zouden schrijven. Ook kwamen er brieven uit Duitsland welke op de vergaderingen werden voorgelezen.

Omdat er niet meer dan 20 leden mochten vergaderen, werd besloten geen aspirant-leden meer aan te nemen. Met de heer van der Wiel moest overlegd worden over de verduistering. De brandstof voor de kachel vormde ook een probleem: ‘Er zou getracht worden een overeenkomst te sluiten met het schoolbestuur als er geen kolenbonnen meer te krijgen zijn.’. Er werd ook gecollecteerd voor de geteisterde verenigingen in Rotterdam. Ondertussen werd nog steeds regelmatig vergaderd, zij het voor enige tijd om de veertien dagen.

Op de vergaderingen werd soms voorgelezen, bijvoorbeeld uit ‘Bartje zoekt zijn geluk’ en er werd aan hersengymnastiek gedaan. Regelmatig kwam ds. G.P. van Itterson uit Den Haag een winterlezing houden, Van de bibliotheek werd nog steeds veel gebruik gemaakt. Er waren nu ± 460 boeken waarvan er steeds 50 – 70 uitgeleend waren. Het St.Nicolaasfeest werd in 1941 voor het eerst op de vereniging gevierd. In 1943 en 1944 werd op tweede Paasdag een provinciale bondsdag gehouden in respectievelijk Den Haag en Woerden. Nog steeds werden er fietstochten georganiseerd en uitstapjes gemaakt. De jaarvergaderingen werden in de oorlog zonder bezoekers gehouden.

De jaarvergadering van 1944 werd samen met de kort tevoren opgerichte Christelijke Meisjes Vereniging gehouden. Negen vrienden hadden voor een voordracht gezorgd en door acht vrienden werd het toneelstuk ‘Het Hoogste Lot’ opgevoerd, ‘We zijn die avond goed getracteerd daar een vijftal vrienden voor melk hadden gezorgd en de dames voor koek’.

Op donderdag 27 april 1944 kreeg de vereniging bezoek van de landwacht in de oude school. Met geweren werden de vrienden gedwongen met de handen omhoog tegen de achterkant van het lokaal te gaan staan. Alles en iedereen werd doorzocht, zelfs het dak werd niet vergeten. Bij het vertrek werd bevolen dat men de eerste twintig minuten de school niet mocht verlaten, waarna men doorging met de bijbelbespreking. Op woensdag 30 augustus 1944 hield de vereniging een clandestien oranje- feestje in het Tanthof. Daar werden wedstrijden ringrijden en zaklopen gehouden en perzik en meloen gegeten. Later vertelden de boeren dat het zingen van ‘Oranje Boven’ tot in de polder gehoord werd.

Nadat in de laatste maanden van de oorlog niet meer vergaderd was, kwamen na de bevrijding de besturen van de jongelings- en de meisjesvereniging direct bijeen. Op 23 mei zou de eerste vergadering samen met de meisjesvereniging gehouden worden. Er zou getracht worden ‘nieuwe leden te winnen boven de 15 jaar, die dan voor dezen avond een uitnodiging zullen ontvangen’. Op de eerste verenigingsavond na de bevrijding werd, na opening en bijbelbespreking, door de presidente van de C.M.V. het gedicht ‘De dag der bevrijdenis’ voorgedragen. Het Wilhelmus werd gezongen en er werd verslag gegeven van het clandestiene feestje in het Tanthof. ‘Ook horen we nog een mooi stukje muziek door 3 dames op de mandoline zoals het Engels Volkslied, ’t Grebbelied en Laatste Groet’. Aan het einde van de avond werd gezongen ‘ ‘k wil U o God mijn dank betalen ‘. Ter gelegenheid van de bevrijding vonden nog tal van andere activiteiten plaats. Er werd o.a. een optocht gehouden met wagens waar ook de Jongelingsvereniging aan mee werkte. Men had een wagengemaakt met bovenop knotwilgen, waar tussen de Duitsers liepen te zoeken en daaronder de ondergrondse drukkerij ‘de Mol’. Om de wagen heen liepen leden heen als mol verkleed om de krant te verkopen. De vereniging sleepte met deze wagen de eerste prijs in de wacht en samen met de opbrengst van ‘de Mol’ konden daarmee de onkosten betaald worden.

Op 16 augustus 1945 werd een feestelijke bijeenkomst gehouden samen met de meisjesvereniging ’ter gelegenheid van de bevrijding en van de vrienden die allen behouden uit Duitsland zijn terug gekeerd’. Na de opening en de toepasselijke inleiding volgden tal van voordrachten en samenspraken. Enkele dames zorgden voor muziek en zang. Verder was er ‘het Mollenlied’ (ieder mol loopt te springen en te dansen van de lol) en een bruiloftslied voor Lena Kalkman en Nico Makkes ter ere van hun aanstaande huwelijk. Al met al een heel feestelijke avond die dan ook tot halfdrie duurde.